炼金术长期从中古世纪以来，被基督教会抹黑为黑魔法，直到近代才给予正确的地位认知。
我们今天认知的西方炼金术是中世纪的一种化学哲学的思想和始祖，可以说炼金术士就是当时的科学研究人员，但是由于教会的立场，将炼金术士抹黑为与魔鬼交易的邪恶巫师，让一般民众深信不疑，成为不得见光的一群人。今天要介绍的牛顿为何在那个时空环境，从事不被认可甚至是危险的研究呢？
12到13世纪时，从伊斯兰世界传入理性与蒙昧并存、求知和贪欲共生欧洲的炼金术，不意外地掀起一阵狂热，掌握其中秘诀的人成为国王、主教的宾客也不在话下，荣华富贵似乎手到擒来，真是如此简单？当然没有。当时炼金术几乎从未在公众展示过，想要从事这方面的学习或是活动，都需要非常严苛的条件，无疑对于想研究这方面的人来说是个困境。
因为炼金术从伊斯兰世界传入，那么想要了解学习，第一关就是要了解阿拉伯语，对于当时教育普及率低的情况，可能连字都认不齐的情况，怎么会有学习的可能？所以这些人自然就是在教会中有着较高教育水准的人，才得以拜读相关书籍。古世纪的炼金术士要求，绝对不比我们现在的物理化学博士要轻松、甚至更严苛。
即使你有这些客观条件，也不代表你就此一路光明发达，因为炼金术士是个枯燥、乏味、需要大量的时间和金钱的投入，但是它所得到的回报与你的投入不成正比，反倒依靠天份与运气。
牛顿，这位堪称全世界无人不知、无人不晓的英国物理学家，甚至是伦敦三一学院的教授，其实他当时就以数学的方式来分析理解圣经，例如计算创世、诺亚方舟与其他圣经事件的确切日期，甚至有次预测世界末日在与之间。
身为教授的他，甚至也怀疑圣经段落的真实性，像是怀疑有庞大的骗局为了支撑耶稣就是上帝的概念，破坏早期教会的传承，他不仅认为这概念就是偶像崇拜，甚至还怀疑三位一体的概念，如果当时被宗教狂热分子听到，绝对会给他加上异端的罪名。
相较于我们熟知在物理领域的牛顿，他其实一生花在研究炼金术的时间还更多，长达三十余年，很讶异吧！以他的身份学识来说，炼金术士的要求一点都不困难，问题在于他的身份太过于有名，如果被人所知就会惹来不必要的麻烦。
他探索炼金术，也像他做科学研究的方法一般，秉着求真探索世界的原则，做了不知道多少次的细腻实验，写下大料的笔记，但是就如前面所说的，炼金术士所留下的纪录，几乎只能为自己所知道，这段隐晦极深的笔记，让后世许多人都认为牛顿可能碰触到炼金术核心，甚至英国BBC还有以这段笔记拍成的纪录片。
当时伦敦遭逢瘟疫肆虐，牛顿也不愿意发表他的研究成果，甚至在四十一岁过世的时候，只有留下许多关于炼金术和宗教的混乱笔记和论文、多篇未完成的数学论文，以及依旧令人困惑不解、也不完整的运动理论。
关于牛顿的死因，又部分科学家认为：牛顿测试金银铜的纯度，在实验室睡觉，遭受铅中毒，可以以此解释一些不良行为。其实牛顿这样的恐惧也不是没有道理，即使位高如教皇西尔维斯特二世，喜爱数学的他甚至写下《几何学》，解决三角形难题（己知一个直角三角形的斜边和面积，求出两条直角边），也被后世教会毫不留情的冠上了巫师身份。
结语
从这段历史，我们可以窥见像是炼金术、数学等过去被迷信、宗教迷雾所掩盖的，其实正是我们现代的知识基础，当人们破除宗教以教义控制的方式之后，才正式走向理性时代。